細菌污染較常見的有大腸桿菌，白色葡萄球菌，假單孢菌等。加用抗菌素的培養液可預防和排除個別一般少量細菌的污染。一旦發生細菌污染很容易發現，多數情況下培養液短時間內變黃，表明有大量酸性物質產生，出現明顯渾濁現象；有時靜置的培養液起初不混，但稍加震蕩，就有許多混濁物漂起。倒置顯微鏡下觀察，可見培養液中有大量圓球狀顆粒物漂浮，有時在細胞表面及周圍有大量細菌存在，細胞停止生長并有中毒表現。必要時可取少量培養液涂片染色檢查以明確細菌種類；有的培養液改變不明顯而有疑似污染，亦可向肉湯培養基內地入少量培養液，37度培養以檢測。

    處理：一般用抗生素的常用量的5~10倍作沖擊療法，用藥24~48小時后再換常規培養液，有時在早期污染時此法有效。細胞培養中用抗生素多為預防細菌污染，一半多聯合應用。一旦發生污染后再使用抗生素常常難以*，有的抗生素只有抑菌作用而無殺菌效應。

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